Agriculteurs, GAEC, EARL, SCEA
Expert-comptable agricole dans les Monts du Lyonnais et le Forez
MDL Expertise tient la comptabilité des exploitations agricoles de la Loire : éleveurs, maraîchers, GAEC, EARL et SCEA. Régime d’imposition, TVA agricole, cotisations MSA, installation ou passage en société : vous avez un seul interlocuteur, qui connaît vos règles.
Vous êtes
Les exploitations agricoles que nous accompagnons
Dans la Loire, plus d’une exploitation sur deux élève des bovins, pour le lait ou la viande, et près d’une sur trois vend en circuit court (recensement agricole 2020). Chaque production a ses propres règles comptables et fiscales.
Élevage laitier
Paie de lait mensuelle, cheptel à inventorier et aides PAC : votre clôture repose sur un suivi précis des animaux et des stocks de fourrage.
Élevage allaitant
Vos ventes se concentrent sur quelques dates et le cycle est long : les stocks d’animaux pèsent sur le résultat et peuvent compter comme épargne pour la déduction pour épargne de précaution.
Maraîchage et vente directe
Ventes au détail, caisse, saisonniers et parfois magasin à la ferme : votre régime de TVA et le suivi de vos recettes demandent une attention particulière.
GAEC, EARL et SCEA
Comptes courants d’associés, rémunération du travail, mise à disposition des terres et partage du résultat se fixent dans les statuts et se suivent chaque année.
Diversification à la ferme
Gîte, transformation, achat-revente ou panneaux photovoltaïques créent des recettes à suivre à part, pour respecter les seuils de rattachement au bénéfice agricole.
Jeune agriculteur
Pendant vos 60 premiers mois, un abattement réduit votre bénéfice imposable si vous percevez les aides à l’installation et relevez d’un régime réel.
Vos enjeux
Ce qui rend la comptabilité agricole différente
Une exploitation ne se gère pas comme un commerce. Les revenus varient d’une année à l’autre, la fiscalité obéit aux règles des bénéfices agricoles et la protection sociale relève de la MSA.
Micro-BA ou régime réel
Le micro-BA calcule votre bénéfice par un abattement de 87 % sur vos recettes, sans tenir compte de vos charges réelles. Le réel demande une comptabilité complète, mais lui seul permet de déduire vos investissements, de constater un déficit et d’utiliser les outils de lissage du revenu.
Des revenus qui varient fortement
Prix du lait, météo, cours des animaux : une bonne année peut être suivie d’une mauvaise. La déduction pour épargne de précaution et la moyenne triennale permettent d’étaler l’impôt dans le temps ; ces choix se préparent avant la clôture.
Une TVA propre à l’agriculture
Les petites exploitations relèvent du remboursement forfaitaire : elles ne facturent pas la TVA et reçoivent un pourcentage de leurs ventes. Au-delà de 46 000 € de recettes moyennes, le régime simplifié agricole s’applique, avec une déclaration annuelle et des acomptes.
Aides PAC, stocks et fermages
Les aides PAC, les animaux, les fourrages et les cultures en terre doivent être rattachés au bon exercice : c’est là que se joue votre résultat. Les fermages suivent l’indice national, fixé à 127,04 pour 2026, soit une hausse de 3,23 %.
Cotisations MSA : une nouvelle base de calcul
Depuis 2026, vos cotisations et la CSG sont calculées sur une base unique : votre revenu professionnel avant cotisations, diminué d’un abattement de 26 %. La moyenne sur trois ans reste la règle, avec une option possible pour le revenu de l’année.
Vente directe, gîte, photovoltaïque
La vente de vos produits reste un revenu agricole, mais l’achat-revente, le gîte ou la vente d’électricité sont des recettes commerciales. Au réel, elles restent rattachées à votre bénéfice agricole sous deux plafonds : 50 % des recettes agricoles et 100 000 €.
Repères 2026
Repères chiffrés 2026 pour une exploitation agricole
Voici les principaux seuils et montants en vigueur en novembre 2026, avec leur base légale.
| Sujet | Ce qu’il faut retenir | Référence |
|---|---|---|
| Régimes d’imposition du bénéfice agricole | Micro-BA jusqu’à 129 200 € de recettes hors taxes en moyenne sur trois ans, avec un abattement de 87 %. Réel simplifié jusqu’à 421 000 €, réel normal au-delà. | CGI art. 64 bis et 69 ; BOFiP BOI-BAREME-000044 du 19/08/2026 (seuils 2026 à 2028) |
| TVA agricole | Remboursement forfaitaire (5,59 % ou 4,43 % des ventes selon les produits) tant que les recettes moyennes sur deux ans ne dépassent pas 46 000 €. Au-delà, le régime simplifié agricole est obligatoire. | CGI art. 298 bis et 298 quater, en vigueur en 2026 |
| Déduction pour épargne de précaution (DEP) | Déduction de 100 % du bénéfice s’il est inférieur à 33 287 €, puis dégressive, jusqu’à 51 040 € par exercice. Le total des déductions non encore réintégrées est limité à 150 000 € et chaque somme doit être utilisée dans les dix exercices. | CGI art. 73, montants des exercices clos en 2026 |
| Abattement jeunes agriculteurs | Abattement de 75 % si le bénéfice ne dépasse pas 50 700 € ; au-delà, 50 % jusqu’à 50 700 € puis 30 % jusqu’à 67 600 €. Il s’applique pendant 60 mois, au réel, aux bénéficiaires des aides à l’installation. | CGI art. 73 B, seuils en vigueur en 2026 |
| Activités accessoires (gîte, achat-revente, photovoltaïque) | Au réel, rattachement au bénéfice agricole si leurs recettes ne dépassent ni 50 % des recettes agricoles ni 100 000 €, en moyenne sur les trois années précédentes. | CGI art. 75, en vigueur en 2026 |
| Plus-values à la cession de l’exploitation | Exonération totale si l’activité est exercée depuis au moins cinq ans et si les recettes moyennes ne dépassent pas 350 000 € ; exonération partielle jusqu’à 450 000 €. Ces seuils passent à 450 000 € et 550 000 € pour une cession à un jeune agriculteur aidé. | CGI art. 151 septies ; BOFiP BOI-BA-BASE-20-20-30-20 du 23/07/2025 |
| Crédits d’impôt | Agriculture biologique : 4 500 € par an si au moins 40 % des recettes sont bio, jusqu’en 2028. Remplacement pour congé : 60 % des dépenses, dans la limite de 17 jours par an, jusqu’au 31/12/2027. | CGI art. 244 quater L (BOFiP du 03/06/2026) et art. 200 undecies (BOFiP BOI-BA-RICI-20-50) |
Ces repères sont généraux et datés de novembre 2026 : chaque situation se vérifie avant toute décision.
Notre accompagnement
Nos missions pour les exploitants agricoles
Nous vous recevons au cabinet à Chazelles-sur-Lyon, venons sur votre exploitation ou échangeons en visio, dans les Monts du Lyonnais, le Forez et toute notre zone d’intervention. La télédéclaration PAC reste entre vos mains ou celles de votre conseiller agricole : nous en intégrons les montants dans vos comptes et vos prévisions.
Comptabilité, clôture et déclarations
Tenue ou révision de vos comptes, inventaire des stocks et des animaux, bilan et déclaration de résultat agricole. Le détail figure sur notre page comptabilité et fiscalité.
TVA agricole
Choix entre remboursement forfaitaire et régime simplifié, déclaration annuelle, acomptes et demande de remboursement de la TVA après un investissement.
Dossier de gestion et prix de revient
Marges par atelier, coût de production, trésorerie et comparaison d’une année sur l’autre, pour décider avec des chiffres. Voir notre accompagnement en pilotage d’entreprise.
Installation, transmission, passage en société
Prévisionnel d’installation, choix entre exploitation individuelle, GAEC, EARL ou SCEA, statuts et calcul des plus-values à la transmission. Ces sujets relèvent de nos missions de conseil et stratégie, de création d’entreprise et de juridique.
Paie des salariés et des saisonniers
Bulletins de paie, déclarations sociales à la MSA et suivi de l’exonération de cotisations pour l’emploi de travailleurs occasionnels (TO-DE). Nous vous indiquons aussi quand le TESA, le titre emploi simplifié de la MSA, peut suffire : voir la gestion de la paie.
Cotisations MSA et revenu de l’exploitant
Estimation de vos cotisations, choix entre moyenne sur trois ans et revenu de l’année, arbitrage de la déduction pour épargne de précaution avant la clôture.
Pour aller plus loin
Nos décryptages utiles à votre métier
Des articles du cabinet, mis à jour au fil des réformes.
Page vérifiée par Geoffrey Ploivy, expert-comptable inscrit à l’Ordre des Experts-Comptables Auvergne-Rhône-Alpes. Dernière mise à jour : novembre 2026. Ces repères sont généraux : chaque situation se vérifie au cas par cas.
Textes de référence
- CGI art. 64 bis (version en vigueur depuis le 01/01/2022)
- CGI art. 69 (version du 01/07/2026) ; BOFiP BOI-BAREME-000044 du 19/08/2026
- CGI art. 298 bis, I et II (en vigueur jusqu’au 31/12/2026)
- CGI art. 298 quater ; impots.gouv.fr, fiche mise à jour le 15/10/2026
- impots.gouv.fr, actualité du 22/09/2026 ; loi n° 2025-127 du 14/02/2025, art. 38
- CGI art. 73 (version du 01/07/2026) ; décret n° 2026-562 du 29/06/2026
- CGI art. 75-0 B
- CGI art. 73 B (version du 19/06/2025) ; BOFiP BOI-BA-BASE-30-10 du 23/07/2025
- CGI art. 75
- CGI art. 63 ; BOFiP BOI-BA-CHAMP-10-10-20 du 04/07/2018, § 20, 190 à 220 et 280 à 320
- CGI art. 151 septies ; BOFiP BOI-BA-BASE-20-20-30-20 du 23/07/2025 ; loi n° 2025-127 du 14/02/2025, art. 70
- CGI art. 244 quater L ; loi n° 2026-103 du 19/02/2026, art. 31 ; BOFiP ACTU-2026-00032 du 03/06/2026
- CGI art. 200 undecies ; BOFiP BOI-BA-RICI-20-50 du 26/03/2025
- Code rural art. L. 731-14 ; CSS art. L. 136-4 ; LFSS pour 2024 ; note MSA « Réforme de l’assiette sociale au 1er janvier 2026 »
Questions fréquentes
Agriculteurs : vos questions les plus fréquentes
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Le micro-BA s’applique tant que la moyenne de vos recettes hors taxes sur trois ans ne dépasse pas 129 200 € (seuil 2026 à 2028). Votre bénéfice imposable est alors fixé à 13 % de cette moyenne, quelles que soient vos charges. Le réel, possible sur option, devient intéressant si vos charges et amortissements dépassent 87 % de vos recettes ou si vous investissez. Il est aussi nécessaire pour utiliser la déduction pour épargne de précaution et l’abattement jeunes agriculteurs.
Pas forcément. Tant que la moyenne de vos recettes sur deux années ne dépasse pas 46 000 €, vous relevez du remboursement forfaitaire : vous ne facturez pas la TVA et vous recevez un pourcentage de vos ventes à des professionnels (5,59 % ou 4,43 % selon les produits). Au-delà, le régime simplifié agricole est obligatoire. Vous pouvez aussi le choisir sur option, par exemple pour récupérer la TVA d’un bâtiment ou d’un tracteur.
Le GAEC réunit des associés qui travaillent tous sur l’exploitation. Il bénéficie de la transparence : chaque associé garde les droits qu’il aurait comme exploitant individuel, notamment pour les seuils fiscaux et, sous conditions, pour les aides PAC. L’EARL est plus souple : elle peut n’avoir qu’un seul associé et limite les pertes de chacun à ses apports. Le choix dépend de qui travaille, de qui apporte les capitaux et de votre projet de transmission : c’est un sujet de conseil à part entière.
Au régime réel, deux outils existent. La déduction pour épargne de précaution permet de déduire une partie du bénéfice d’une bonne année, à condition d’en placer au moins la moitié sur un compte bancaire dédié ; la somme est réintégrée quand vous l’utilisez, dans les dix exercices suivants. La moyenne triennale, sur option, calcule votre impôt sur la moyenne de vos trois derniers bénéfices. Ces deux outils peuvent se combiner.
La vente de vos propres produits, même transformés à la ferme (fromage, conserves), reste un revenu agricole tant qu’ils viennent de votre exploitation. L’achat-revente, le gîte ou la vente d’électricité photovoltaïque sont des recettes commerciales. Au réel, elles restent dans votre bénéfice agricole si elles ne dépassent ni 50 % de vos recettes agricoles ni 100 000 € en moyenne sur trois ans ; au micro-BA, elles se déclarent à part. Côté TVA, une installation commerciale, comme un magasin ou du personnel dédié à la vente, peut vous faire passer au régime simplifié.
Oui. Depuis le 01/09/2026, toute entreprise assujettie à la TVA doit pouvoir recevoir ses factures sous forme électronique, par une plateforme agréée. L’obligation d’émettre des factures électroniques s’applique aux petites et moyennes entreprises à compter du 01/09/2027. Les règles propres aux exploitants au remboursement forfaitaire se vérifient au cas par cas : notre guide de la facturation électronique fait le point.
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